Gli strumenti dell'agopuntura sono gli aghi: gli aghi antichi, simili a spilloni da capelli, erano di giada; le pietre venivano molate per ottenere una punta aguzza e servivano specialmente per curare ascessi e pruriti.
Gli aghi sono (e furono) dei più svariati metalli (oro, argento, platino, rame, ottone, acciaio) e delle forme più strane (a punta, a lancia, a vite ecc.), ma la grande tradizione fu sempre fra aghi yang (solari a energia positiva) e aghi yinn (lunari a energia negativa) e oggi, come nel passato, si adoperano sempre aghi yang per tonificare, aghi yinn per sedare.
Anticamente erano realizzati a mano e grande importanza era data alla forma; oggi si dà più importanza alla lega e alla purezza dei metallo, anche se ve ne sono a testa di diamante, di rubino o di altre pietre preziose. Attualmente i modelli sono numerosi e di vario diametro e lunghezza (fino a 10 cm): i più sottili vengono usati per le mani e il volto, i più grossi sono invece usati per le parti dei corpo più carnose e
con la cute più spessa e resistente.
L'ago viene infisso leggermente inclinato secondo la corrente energia
del meridiano; si scelgono aghi d'oro (o di metallo giallo) per tonificare, aghi d'argento (o di
metallo bianco) per disperdere. Teoricamente, per disperdere, la puntura deve essere eseguita
rapidamente e l'ago in seguito deve essere rimosso in due-tre tempi; al contrario per tonificare bisogna infiggere l'ago in due-tre tempi ed estrarlo in un
colpo solo: generalmente l'operazione non dovrebbe essere né cruenta né dolorosa.
La durata può variare moltissimo: si ritiene che quella prolungata esplichi un'azione tonica, quella
breve invece un'azione dispersiva o sedativa: gli aghi cosiddetti a dimora vengono lasciati in situ per 24-48 ore. Il numero delle punture per ogni seduta è generalmente di almeno due, se si vuole agire su un organo; di media sono infissi sei aghi ma questo numero può essere di molto superiore se primi aghi non hanno portato alcun beneficio: gli interventi di agopuntura possono essere ripetuti anche giornalmente, ma in genere vengono considerate sufficienti due applicazioni alla settimana.
La scelta dei punti (che segue sempre l'individuazione dei meridiano e dell'organo in fase di squilibrio mediante
l'esame del polso) è estremamente complessa e controversa: accenniamo qui che l'agopuntura distingue i punti in due grandi categorie: punti fissi o dei meridiani e punti non fissi. I punti dei meridiani si dividono a loro volta in vari gruppi e categorie: