Il Santo, per il suo dono di vedere nel futuro, non preannunciava soltanto fatti particolari, ma anche grandi eventi storici; ad esempio, l'invasione degli Ottomani.
Nel 1480 in Italia i vari principi si trovavano impegnati a lottare tra di loro per il predominio dei territori nazionali, ma non si rendevano conto del grave pericolo che veniva dall'Oriente: gli Ottomani.

Il Papa Sisto IV cercò di riunire le forze e indisse una crociata, ma non avendo altri appoggi, i suoi sforzi furono vani.
Anche San Francesco supplicò Ferdinando, il re di Napoli, affinchè pensasse a rafforzare i confini invece di fare guerra in Toscana, ma il re era sordo ai suoi appelli.

Così, nel mese di luglio del 1480 la città di Otranto fu presa d'assedio dai Turchi e fu costretta alla resa. La metà degli abitanti furono barbaramente uccisi; neanche l'Arcivescovo e tutto il clero furono risparmiati.
Moltissimi dei sopravvissuti furono radunati e costretti ad abbracciare la religione islamica; al loro rifiuto, furono trucidati: il luogo dove avvenne il massacro prese il nome di "Monte dei martiri".
San Francesco, che già tre mesi prima aveva previsto il massacro di Otranto, ogni giorno intensifficava le sue preghiere e nella sua cella di Paterno aumentava le penitenze, i digiuni e le flagellazioni.

Il Re finalmente capì che da Otranto i turchi potevano invadere tutto il Regno di Napoli, così intensificò le difese del paese, grazie anche all'aiuto del Pontefice Sisto IV  e della Lega Toscana, con la quale finalmente era stata stipulata la pace.
Francesco continuava a pregare nella sua cella per la vittoria dei cristiani e non mancava di incoraggiare e sostenere quelli che si rivolgevano a lui supplichevoli.

Il conte di Stilo, capitano di una spedizione, prima di partire per la guerra si recò da Frate Francesco a Paterno con il suo esercito. Francesco diede a ciascuno una candela benedetta e li affidò alla guida spirituale di un frate. Solo un soldato rifiutò la candela e fu l'unico a non tornare vivo dalla battaglia.
Nel mese di maggio del 1481 Maometto II morì e il pericolo dei turchi cessò definitivamente.
Tutti ne furono felici, soprattutto Francesco che tanto aveva pregato e sofferto per quella guerra.