Gli indios del Chiapas, uno degli stati più poveri del Paese, videro nel trattato NAFTA  l’ennesima restrizione dei loro diritti che li avrebbe obbligati a vendere la terra e a trasferirsi nelle fatiscenti periferie urbane. 

Il 1°  gennaio 1994, nei pressi di San Cristóbal de las Casas, un gruppo di indios dell'EZNL (Esercito zapatista di Liberazione Nazionale) insorse contro le autorità locali e nazionali. Il movimento del Chiapas si ispira a Emiliano Zapata, il leader rivoluzionario d'inizio secolo: l’EZLN rivendica le grandi conquiste della rivoluzione messicana (terra per tutti i contadini, autonomia per gli indios, democratizzazione dello stato) di cui le classi popolari beneficiarono solo per un breve periodo. Le fiamme che quel 1° gennaio 1994 incendiarono il municipio di San Cristobál sono state il frutto di anni di rabbia di generazioni di indios a causa della discriminazione economica e politica imposta loro dai governi che si sono succeduti in Messico. Gli zapatisti presero il controllo di città e fattorie.

L'EZLN, dopo un referendum al suo interno, si è dotato di un proprio organismo politico, l'FZLN, che ha avviato trattative, spesso interrotte da ambo le parti, con il governo.

L'insurrezione contadina era ed è guidata dal Subcomandante Marcos, il quale ha acquisito vasta popolarità nel mondo anche grazie all'utilizzo di Internet quale mezzo di diffusione di proclami e programmi rivoluzionari: egli è divenuto il simbolo della lotta dei poveri.

La lotta tra i guerriglieri zapatisti e il governo messicano si è intensificata all'inizio del 1995, quando le istituzioni, avendo perso autorità sociale agli occhi del paese e credibilità economica a quelli degli investitori stranieri, decisero di inviare nel Chiapas l'esercito federale per schiacciare definitivamente il movimento dei ribelli; l'imponente campagna militare, pur avendo permesso di riprendere il controllo di alcune piccole città precedentemente conquistate dagli zapatisti e di far retrocedere le basi dei guerriglieri nelle campagne e nelle foreste dell'estremo sud, non è riuscita nell'impresa di catturare i capi del movimento rivoluzionario e di sedare la guerriglia.

Da allora sono stati avviati i negoziati con il governo federale, e nel febbraio 1996 è stato siglato il primo di sei accordi di pace, inteso a proteggere la cultura autoctona e a conferire alla popolazione indigena maggior peso politico. La situazione nella regione, però, non si è placata e la repressione delle popolazioni del Chiapas con squadroni della morte e anche con lo stesso esercito federale è continuata: il 22  dicembre 1997, con la complicità dell'esercito federale e della polizia, una banda paramilitare è intervenuti in Chiapas compiendo una vera e propria strage ad Acteal (45 morti).